Entre los riesgos de la operación está la rotura de vasos sanguíneos, que pueden provocar hemorragias internas e incluso el desprendimiento de un coágulo de sangre que se disemina en el torrente sanguíneo y puede llegar a dañar los pulmones (embolia). Además, la incisión en el útero deja un punto débil en la pared uterina, lo que en muchos casos obliga a que el resto de hijos nazca también por cesárea. Aunque en la actualidad la técnica ha evolucionado mucho, no se descarta la aparición de problemas propios de una intervención quirúrgica cualquiera, relacionados con la anestesia de tipo respiratorio, infeccioso etc. De hecho, en comparación con los partos vaginales presentan mayores riesgos de hemorragia, y otros daños en la zona abdominal y en los órganos urinarios. «Pese a que puede salvar muchas vidas, las mujeres deben saber que una cesárea es siempre una cesárea», señala un documento del Colegio Americano de Matronas. Entre los riesgos de los que advierte este informe se mencionan los derivados de las trasfusiones de sangre, las hospitalizaciones ligadas a la intervención, los problemas para tener hijos vaginalmente en el futuro, etc., por lo que advierten del peligro que supondría una generalización indiscriminada de esta técnica.

Aunque la recuperación tras la intervención es algo más larga que después de un parto vaginal, la mayor parte de las mujeres se recupera al cabo de dos a cuatro días. Para acelerarla, se recomienda comenzar a caminar desde el primero, y generalmente es necesario además el uso de analgésicos para el dolor, aunque la herida disminuye progresivamente sin más complicaciones. Al cabo de seis semanas, se pueden realizar algunos ejercicios para recuperar el tono muscular.